NIST SRM 8398 人類DNA 全基因組變異評估

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參考資料 8398

用于全基因組變異評估的人類 DNA

（猶他州之女/歐洲血統）

(HG-001)

此參考材料 (RM) 旨在用于驗證、優化和過程評估目的。它由猶他州/歐洲血統的女性全.人類基因組樣本組成，可用于評估基因組測序中變異調用的性能。一個 RM 8398 單元由一個裝有人類基因組 DNA 的小瓶組成，該基因組 DNA 是從單個大生長的人類淋巴母細胞系 GM12878（標記為 HG-001）中提取的。

科里爾醫學研究所（新澤西州卡姆登）。該小瓶含有大約 10 µg 基因組 DNA，DNA 位于 TE 緩沖液（10 mM TRIS，1 mM EDTA，pH 8.0）中。

該材料旨在通過獲得真陽性、假陽性和假陰性的估計值來評估人類基因組測序變異檢出的性能。測序應用可能包括全基因組測序、全外顯子組測序和更有針對性的測序，例如基因組。這種基因組 DNA 的分析方式與實驗室處理和分析提取的 DNA 的任何其他樣本相同。由于 RM 是提取的 DNA，因此它對于評估 DNA 提取等分析前步驟沒有用處，但它確實挑戰了測序文庫的制備、測序機器以及作圖、比對和變異調用的生物信息學步驟。此 RM 并非旨在評估后續的生物信息學步驟，例如功能或臨床解釋。

NIST SRM 8398 人類DNA 全基因組變異評估

信息值：

為單核苷酸變異 (SNV)、小插入和缺失 (indel) 以及純合參考基因型提供信息值。 v3.3.2 基準測試集涵蓋了大約 91% 的 GRCh37 組件和 85% 的 GRCh38 組件（不包括組件中的間隙），使用方法參考 1 中描述的信息值。信息值被認為是 RM 用戶感興趣和使用的值，但沒有足夠的信息來評估與該值相關的不確定性。我們使用當前可用的數據和方法描述和傳播我們對基因型的最佳、最自信的估計。隨著新數據的積累以及測量和信息學方法的出現，這些數據和基因組特征將隨著時間的推移而得到維護。 HG-001 的數據可在國家生物技術信息中心 (NCBI) 序列讀取檔案的 BioSample SAMN03492678 下找到。信息值以變體調用文件 (vcf) 的形式給出，其中包含基準 SNV 和小插入缺失，以及一個制表符分隔的“床"文件，該文件描述了基準區域，其中任何不在基準 vcf 中的其他變體都應該是錯誤。信息值不能用于建立計量溯源性。

RM 8398來自人類淋巴母細胞系，用于研究用途。既然沒有達成共識

提取DNA的感染狀態，處理RM 8398成分作為生物安全等級1的材料

根據疾病預防控制中心(CDC)辦公室的建議，傳播傳染病

安全，健康，環境和國家衛生研究院(NIH)[2]。

儲存和使用說明

儲存:RM 8398在NIST儲存在-20°C，但將與冷凍包一起運輸，可能不會冷凍到達。

NIST SRM 8398 人類DNA 全基因組變異評估收到后應在-20°C的黑暗處長期保存，或在4°C的黑暗處短期保存

儲存(如果即將使用)。

使用:建議在將vcf與基準vcf進行比較后，只使用基準中的變量

區域被認為是真陽性、假陽性和假陰性。另外，要了解原因

假陽性和假陰性，包括基準集中潛在的錯誤，強烈建議使用

在假定的假陽性和假陰性的子集周圍，用戶使用

基因組瀏覽器。為性能指標和工具開發標準化定義，以比較不同的調用

全球基因組學和健康團隊聯盟發布了最佳實踐

對于人類基因組中生殖系小變異呼叫的基準，我們強烈建議遵循[3]。

隨著測序技術和分析方法的改進，這些基準呼叫和區域將更新

本調查報告將定期更新至

反映重要的新發布。當前版本包含相對于GRCh37的小變體基準集

和來自基因組參考聯盟的GRCh38參考組件。來自各種技術的數據集

對于這個基因組的描述見文獻4。

源制備(1)

科里韋爾醫學研究所(Camden, NJ)在多個階段對其細胞系GM12878進行了大量生長，

提取大約83毫克的DNA，然后混合DNA，和DNA一起放入小瓶

大致相等地分成小瓶。具體來說，細胞池被分成三個單獨的DNA體積

提取后，將提取的DNA重新混合，在4℃下輕輕混合48 h以上，再取料

自動分配到10 μg DNA的小瓶中。

注:該RM是分離的DNA而不是活細胞，因為細胞不太穩定，可以隨每個細胞發生突變

因此活細胞的序列可能不會隨著時間的推移而穩定。從大量細胞中提取DNA

有助于確保所有小瓶含有基本相同的DNA序列。DNA現在可以從這個地方找到

但其DNA序列可能含有微小的差異

不同批次的細胞發生不同的突變。

穩定性:通過脈沖場凝膠測量DNA的大小分布來評估穩定性

電泳(但是脈沖場凝膠電泳的出現)。使用PFGE，在4℃保存8個樣品后，未檢測到尺寸分布的變化

在37℃保存8周后，其大小分布明顯下降。此外，沒有變化

經過5次凍融循環、大力移液或渦旋后檢測。然而，因為我們只測量尺寸